引起咳嗽的疾病很多，根據病因不同可以分為感染因素、物理因素、化學因素、過敏因素及其他疾病如膈下膿腫、食道氣管瘺、尿毒癥和結締組織病引起的肺浸潤。其中最主要是感染性因素和過敏因素引起的慢性咳嗽。包括上呼吸道疾病，如感冒、慢性鼻炎、鼻後滴綜合征、慢性咽炎，慢性支氣管炎、支氣管擴張、肺炎、肺結核、胸膜炎，過敏性鼻炎、過敏性哮喘、嗜酸性粒細胞增多支氣管炎等等。
1、感染性咳嗽：感染性咳嗽是由呼吸道病毒或衣原體、支原體感染所致的一種慢性咳嗽。臨床特點是在咳嗽發生前有上呼吸道感染症狀，如發熱、咽痛、流涕、鼻塞等，而在這些症狀消失後，出現咳嗽並持續，有些人可長達4周以上。西醫治療是服用止咳化痰劑，必要時食用抗生素及糖皮質激素。
2、慢性支氣管炎：臨床特點是慢性咳嗽，伴多痰或呈現膿性痰，肺部X線可見肺紋理增粗及紊亂，西醫治療主要是抗感染、止咳、祛痰及平喘。
3、過敏性咳嗽：是一種特發性過敏性疾病，臨床特點為乾咳，通常不伴有喘息及呼吸困難，氣道反應性正常，胸部X線檢查正常，通常不會發展為哮喘，但可有其他過敏性疾病伴隨，如過敏性鼻炎、濕疹等等。治療以糖皮質激素和抗過敏藥為主，無需使用支氣管控制劑。
4、變異性咳嗽：是一種以乾咳為症狀的支氣管哮喘特殊類型。臨床特點是慢性咳嗽，少痰或無痰，晝夜均有咳嗽，運動和感冒，或者吸入冷空氣後咳嗽加重，肺功能檢查可發現可逆性氣道阻塞，支氣管激發試驗陽性。西醫治療原則同典型的支氣管哮喘，糖皮質激素和舒喘靈氣霧劑吸入治療效果尚可。
5、鼻後滴注綜合征：是由於上呼吸道感染，如感冒、鼻炎、鼻竇炎等形成的鼻腔分泌物經後鼻道流入咽後壁，刺激咽後部所引起的反射性咳嗽。臨床特點是慢性咳嗽、伴或不伴咳痰，咳嗽以夜間和清晨為重，鼻塞，患者感到有東西滴入咽後壁，會經常清嗓。抓住鼻部炎症病史及上述特徵性表現，結合咽部檢查，若發現口咽部有黏液或膿性分泌物有助於診斷。治療關鍵是控制炎症、消除鼻部病變。
6、胃食管反流：這類咳嗽也是臨床上逐漸多見的慢性咳嗽原因之一。是由於胃內容物頻繁逆流入食管，刺激咽喉部而引起乾咳，伴有反復性喘息、陣發性呼吸困難等氣道高反應性症狀。同時患者還伴有消化系統症狀如反酸、呃逆、嘔吐、胃灼熱等。檢查24小時食管PH監測陽性，試驗性抗酸治療有效。治療關鍵是減少胃酸反流，隨著反流減少其咳嗽症狀減輕。
7、 嗜酸性粒細胞支氣管炎：特點是乾咳，少痰或者無痰， 無喘息，痰及血中的嗜酸性粒細胞增高，無明顯氣道反應性增高。此類咳嗽給予支氣管擴張劑無效，給予糖皮質激素有效。治療原則同過敏性咳嗽。
8、肺結核：兒童是肺結核的高發對象，如果兒童罹患支氣管內膜結核，可引起慢性咳嗽。臨床表現為慢性咳嗽，伴有低熱、盜汗、消瘦等結核中毒症狀，肺部X線、痰菌檢查及纖維支氣管鏡檢查是診斷的重要依據。抗結核化療是治療的關鍵。
9、心因性咳嗽：又稱精神性咳嗽或習慣性咳嗽，主要見於學齡期兒童，發生在上呼吸道感染之後，其特點是在玩耍及睡眠時咳嗽減輕或消失，而在安靜時說咳就咳，咳嗽聲音響亮、刺耳，在精神不愉快或受到家長訓斥時其咳嗽往往加重。在排除其他咳嗽病因後，予以心理支持及疏導可使症狀緩解。